Angerja-Pahkla alade asustus pärineb ilmselt juba muinasajast, 10-12. sajandist.

Sellest annab tunnistust Eesti Ajaloomuuseumis asub nn. Angerja hõbeaare (leitud 1963). Arheoloogilistel kaevamistel 1963. ja 1986. aastal on leitud hoburaudsõlgi, käevõrusid, tinaripatseid, lauanõude kilde ja muid esemeid. Arheoloogide hinnangul hävis hoonestus 13.-14. sajandil, mida võib seostada Jüriöö ülestõusu sündmustega.

Esimesed kirjalikud andmed pärinevad Taani hindamisraamatust, mille järgi oli Angerja 1241. aastal Põhja-Eesti külade loendis kui 25-adramaaline küla, mis tollase mõõdupuu järgi oli keskmise suurusega.

Angerja mõisa ja veskit on esmakordselt märgitud 1424. aastal. Angerja puhul pole aga tegu teatud vääriskalaga, vaid mõisa üks esimesi omanikke oli Angeri-nimeline. Angerja oli tüüpiline kindlustatud mõisakeskus, rajatud 14.-15. sajandil, nagu ka mõisad Vigalas, Velisel, Keilas ja mujal. See oli piklik, massiivne, tornitaoline kahe ruumiga hoone, mille idapoolsesse külge oli tehtud juurdeehitus. Paksude paekivimüüridega linnus asus oja kaldal, turvalisust lisasid muldvallid ja kindluskraavid.

Angerja vasall-linnus hävis Liivi sõjas ja seisab praegu varemeis, kaardistatud ajaloo- ja kultuurimälestisena 15.sajandist.

Pahkla küla on esmakordselt mainitud 1433.aastal, tolleaegse nimetusega Pachel. Pahkla mõis rajati 17.sajandi alguses Pahkla küla asemele. Mõisa ala kandis hiljem (a-ni 1977) Tamsalu küla nime. Varem olid omaette külad ka Džungli, Rajala, Metsaküla ja Visja.

Hageri kihelkonnakiriku ajaloomaterjalide põhjal suri aastail 1710-1711 möllanud katku ajal kihelkonnas 2621 inimest, järele jäi 794. 1712. aasta arhiividokumendi järgi oli Angerjal neli talu ja Angerja (Angeri) mõis, Pahklas kaheksa talu ja Pahkla (Pachel) mõis.

1866. aastal moodustati vallakogukonna seadusega Pahkla ja Angerja  vallad. 1891. aastal ühendati Hageri kihelkonna 10 väikevalda ühtseks Kohila vallaks, nende  hulgas ka Pahkla ja Angerja.

19. sajandi lõpul ja 20. sajandi algul jätkus talude päriseksostmine. 1911. aasta statistiliste andmete põhjal oli Angerja kogukonnas 20 päriseksostetud ja 3 renditalu ning Pahkla kogukonnas olid kõik talud, arvuliselt 35, välja ostetud. Angerja vallas loendati 1915. aastal 420 inimest,  Pahkla kogukonna näol oli tegemist inimeste hulga poolest ühe arvukama piirkonnaga- 1915. aastal loendati Pahkla kogukonnas 883 inimest.

Uute asundustalude rajamine algas pärast Vabadussõda. Näiteks Angerja külas oli enne nõukogude okupatsiooni 26 elujõus talu, kus kasvatati loomi ja hariti põldu.

Kool avati Pahklas 1868. aastal. Sellest ajast elavnes ka kohalik kultuurielu. 19. sajandi lõpul tegutses külas mängu- ja laulukoor. 1926. aastal loodi Pahkla haridusselts, kui koolijuhatajaks oli Roman Esko. Selts korraldas mitmesuguseid kursusi ja ühisettevõtmisi, tegutsesid segakoor ja näitering, seltsil oli oma raamatukogu.

Teine maailmasõda ja sellele järgnenud repressioonid viisid küladest minema palju inimesi. Mehi mobiliseeriti nii Punaarmeesse kui Saksa sõjaväkke, külaelanikke tapsid nii venelased kui sakslased. Järgnes 1949. aasta küüditamine, mis viis mõlemast külast mitu perekonda.

1949. aasta aprillis moodustati üleüldise kollektiviseerimise käigus Angerjal “Pioneeri” ja Pahklas “Tõusu Tee” kolhoosid. Peatselt väikekolhoosid ühinesid. Külad aga praktiliselt tühjenesid, sest kehva teenistuse tõttu lahkusid noored mujale tööd otsima.

Pahkla Kool lõpetas tegevuse paar aastat pärast oma 90. sünnipäeva - aastal 1962.

1960. aastate lõpus rajati Pahkla metsa enam kui 200-le hektarile Nõukogude armee raketiväebaas. Sõjaväe maa-ala hõlmas ka kohaliku suurima vaatamisväärsuse Pahkla Suurkivi, millele juurdepääsu looduskaitsjate nõudel siiski võimaldati. Metsa ehitati viiekorruseline elamu, kasarmud, angaarid, radaritornid jms. 1994. aastal Vene sõjavägi lahkus ja hooned rüüstati.

Pärast mitmeid reforme sai majandist Kohila sovhoosi Pahkla osakond, mis  pärast 1991.a. Eesti taasiseseisvumist tegutses põllumajandusühistuna. 2002. aastal algatati laenu-hoiuühistu pankrot, vahetusid omanikud. Põllumajanduslikku tootmist jätkab väiksemas mahus OÜ Oruvälja.

1990ndate alguses likvideeriti ka kohalik kauplus ja Pahkla osakonna söökla.

1992.a. rajati Pahkla Camphilli Küla vaimupuudega noorte elu korraldamiseks, mis on osa ülemaailmsest Camphilli liikumisest, toetudes R. Steineri antroposoofilisele õpetusele. Camphilli küla on koduks kolmekümnele vaimupuudega inimesele ja nende tugiisikutele.

Angerja ja Pahkla külade staatus ja piirid taastati1999.a.

Külaelanike omaalgatusena moodustati 2001.aasta kevadel kahe küla - Angerja ja Pahkla ühine küla eestseisus ning valiti külavanem.

2002.a. septembris  taasasutati Angerja-Pahkla Haridusselts.

2010.a. paigaldati külakeskusesse TH. Altermanni mälestuskivi.